El modelo académico de la Universidad Autónoma Metropolitana se basa en la organización académica departamental, lo que la distingue de la mayoría de las instituciones de educación superior del país. Bajo esta estructura los profesores, en su mayoría de tiempo completo, conjuntamente con la docencia realizan actividades de investigación, lo que enriquece la formación de los estudiantes y diversifica los planes y programas de estudio de licenciatura y posgrado.

En la UAM las actividades académicas se realizan por trimestres.

Sistema expositivo magisterial

En las unidades Azcapotzalco, Cuajimalpa, Iztapalapa y Lerma, se imparte el sistema expositivo magisterial; en éste, hay un profesor por cada unidad de enseñanza aprendizaje (materia), quien, además de impartir clases, relaciona las actividades académicas con problemas concretos de la realidad.

La interacción docente-alumno se complementa con mesas redondas, conferencias, seminarios y trabajos de investigación.

El modelo pedagógico en la Unidad Cuajimalpa se centra en el aprendizaje del alumno, más que en los conceptos impartidos por el maestro. Reconoce una interacción recíproca entre el docente y el alumno en la que se desarrollan conocimientos, habilidades y actitudes para responder con éxito en la sociedad del conocimiento.

Sistema modular

En la Unidad Xochimilco, todas las licenciaturas se imparte con base en un novedoso sistema educativo denominado sistema modular. En este sistema se cursa un módulo por trimestre.

Un módulo es una unidad de enseñanza aprendizaje integral. Los contenidos temáticos, experimentos de laboratorio y de campo, las prácticas, investigaciones bibliográficas y de campo, además de otras experiencias educativas (seminarios, conferencias, técnicas audiovisuales, etcétera), se organizan en torno a la solución de problemas concretos de la realidad.

Los alumnos trabajan en equipo para estudiar, intercambiar y discutir ideas; diseñan y realizan investigaciones con el propósito de vincular los conocimientos teóricos con la práctica y participan en actividades de servicio social en diversas comunidades.

En este sistema el docente actúa como asesor y coordinador de los grupos de trabajo.